Veřejná VŠ se zřizuje, zrušuje, slučuje či splývá s jinou veřejnou vysokou školou výhradně zákonem. Její organizaci a činnost, jakož i postavení členů akademické obce pak upravují její samosprávné vnitřní předpisy, z nichž nejvýznamnější je statut (vnitřní předpisy a jejich změny schvaluje akademický senát a registruje ministerstvo na základě žádosti rektora). Státní orgány mohou zasahovat do činnosti veřejné VŠ jen na základě a v mezích zákona a způsobem zákonem upraveným.
Zákon o vysokých školách rozlišuje
-
tzv. samosprávné akademické orgány veřejné VŠ, kterými jsou: akademický senát, rektor, vědecká rada nebo umělecká rada (akademická rada na neuniverzitní vysoké škole) a disciplinární komise, a
-
tzv. další orgány veřejné VŠ, kterými jsou: správní rada veřejné vysoké školy a kvestor.
Se samosprávným charakterem veřejné VŠ souvisí i její ekonomická autonomie. Veřejná VŠ sestavuje vždy na kalendářní rok svůj rozpočet a hospodaří podle něj. Z odlišnosti veřejné VŠ od státu vyplývá i to, že stát neručí za její závazky. Veřejná VŠ má nárok na dotaci na uskutečňování akreditovaných studijních programů a programů celoživotního vzdělávání, s nimi spojenou vědeckou, výzkumnou, vývojovou, uměleckou nebo další tvůrčí činnost a na rozvoj VŠ. Veřejná VŠ vlastní majetek potřebný k činnostem, pro něž byla zřízena. Součástí právní úpravy financování vysokého školství jsou (od roku 1999) též tzv. poplatky spojené se studiem.
Veřejná VŠ se může členit na součásti: fakulty, vysokoškolské ústavy, jiná pracoviště a účelová zařízení. Rovněž jednotlivé součásti mají právo samosprávné právotvorby, jejich vnitřní předpisy však musí být navíc v souladu s vnitřními předpisy veřejné VŠ. Práv.