Uživatel je povinen předložit hodnocení rizika MŽP

Uživatel je povinen předložit hodnocení rizika MŽP jako součást žádosti o zápis do uvedených seznamů a pravidelně po 5 letech . Hodnocení rizika musí obsahovat posouzení možných přímých, i nepřímých škodlivých účinků na zdraví člověka a zvířat, životní prostředí a biologickou rozmanitost, jak bezprostředních, tak následných, a to zejména negativního působení na člověka, negativního působení na zvířata a rostliny, omezení možnosti léčit onemocnění v důsledku rezistence vůči antibiotikům, atd.Uživatel je povinen zajistit provedení hodnocení rizika pro každý geneticky modifikovaný organismus samostatně.
Havarijní plán je dokument, v němž jsou popsány činnosti a opatření prováděná při vzniku havárie, které vedou ke zmírnění jejích následků na zdraví člověka a zvířat, životní prostředí a biologickou rozmanitost. Uživatel je povinen ho předložit MŽP jako součást žádosti o zápis do uvedených seznamů a pak pravidelně každých 5 let.
Poruší-li uživatel ustanovení tohoto zákona nebo neplní-li podmínky stanovené ministerstvem v rozhodnutí o zápisu do Seznamu uživatelů, rozhodne ministerstvo o jeho vyřazení z tohoto seznamu. Nová žádost o zápis do Seznamu uživatelů může být předložena nejdříve po 5 letech od rozhodnutí o vyřazení ze Seznamu uživatelů.
V případě uzavřeného nakládání první a druhé kategorie rizika může uživatel zahájit nakládání po uplynutí 90 dnů od podání žádosti, pokud do konce této lhůty ministerstvo nerozhodne jinak. V případě uzavřeného nakládání třetí a čtvrté kategorie rizika může uživatel zahájit nakládání pouze se souhlasem MŽP. V případě uzavřeného nakládání první a druhé kategorie rizika ministerstvo spolu se zápisem uživatele do Seznamu uživatelů zapíše geneticky modifikovaný organismus uvedený v žádosti skupinu do Seznamu pro uzavřené nakládání. V případě uzavřeného nakládání třetí a čtvrté kategorie rizika je uživatel povinen současně se žádostí o zápis do Seznamu uživatelů předložit žádost o zapsání geneticky modifikovaného organismu do Seznamu pro uzavřené nakládání. Uzavřené nakládání třetí a čtvrté kategorie rizika může uživatel zahájit až po nabytí právní moci rozhodnutí o zápisu geneticky modifikovaného organismu do Seznamu pro uzavřené nakládání.